Le Code de la Sécurité Sociale article L321-1 précise que: L'assurance maladie comporte:
L'octroi d'indemnités journalières à l'assuré qui se trouve dans l'incapacité physique constatée par le médecin traitant, selon les règles définies par l'article L. 162-4-1, de continuer ou de reprendre le travail...

Ainsi, les salariés du régime général en arrêt médical peuvent percevoir des indemnités journalières de la Sécurité sociale, s'ils remplissent les conditions requises. Voir à ce sujet, sur ameli.fr: Vous êtes en arrêt de travail pour maladie

A savoir :

Les indemnités journalières (IJ) ne sont pas assujeties aux cotisations de sécurité sociale et taxes et participations assises sur les salaires mais soumises à la CSG et à la CRDS sans abattement et elles sont soumises à l'impôt sur le revenu (*).

Vos bulletins de paie ( dans tous les cas, maintien ou non, subrogation ou non ) ne doivent jamais considérer l'IJ dans la base du net imposable afin de ne pas provoquer de doublons dans les déclarations d'Impôts sur le Revenus du salarié

La caisse d'assurance maladie envoie chaque année au salarié, une attestation fiscale lui permettant de déclarer les IJ soumises à l'impôt sur le revenu.

(*) à l'exception de celles allouées à des personnes atteintes d'une affection comportant un traitement prolongé et une thérapeutique particulièrement coûteuse.

Accidents du travail ou maladies professionnelle :

Voir à ce sujet, sur ameli.fr: Accidents du travail ou maladies professionnelle
Les indemnités temporaires, prestations et rentes viagères servies pour accidents du travail ou maladies professionnelle ne sont pas soumis à l'impôt sur le revenu. (source)

Lu sur annuaire-secu.com : "...Cependant, les sénateurs ont adopté, vendredi 21 novembre, contre l'avis du gouvernement, un amendement au projet de loi de finances 2009 soumettant à l'impôt sur le revenu les indemnités journalières versées aux victimes d'accidents du travail et de maladies professionnelles.

Les prestations et les rentes (invalidité), comme les indemnités pour maladies longues et coûteuses, ne sont pas concernées par cette fiscalisation, mais les partenaires sociaux devraient vivement réagir, rapporte le quotidien Les Echos.
"Faudra-t-il être éternellement populaire pour redresser les finances de ce pays ?", a plaidé Jean-Jacques Jégou (UC), auteur de l'amendement..."( les echos.fr )

Au sujet des indemnités journalière IJ :

• Technique de paye : mes IJSS sur mon bulletin de paye
• Technique de paye : maintien de salaire et subrogation
• Attestation de salaire (IJSS)
• Pas d'IJSS en cas de séjour à l'étranger